Луиза, слово военачальник не связано с сочетанием военный начальник. В основе этого сложного слова лежат слова вои и начальник (соединительный гласный е). Посмотри в «Толковом словаре» В. Даля — с данным корнем имеются слова военачальственныйй, военачальничать. Они исключают предположение о наличии в составе рассматриваемых сложных слов прилагательного военный.